Z formalnego punktu widzenia Federacja Rodzin Katyńskich działa od chwili rejestracji Statutu, czyli od 3 grudnia 1992 roku. Wcześniej jednak, już od roku 1989, przedstawiciele powstającej właśnie Warszawskiej Rodziny Katyńskiej dążyli do nawiązania kontaktów z innymi środowiskami katyńskimi w Polsce, konstytuującymi się w Rodziny. Najbardziej aktywna i od początku sprawdzona w pracy grupa ludzi zawiązała „Komitet Organizacyjny” w składzie: Bożena Łojek (przewodnicząca), Jędrzej Tucholski (zastępca), Jolanta Klimowicz-Osmańczykowa i Danuta Napiórkowska (sekretarz). Grupa ta doprowadziła do pierwszego ogólnopolskiego spotkania przedstawicieli Rodzin Katyńskich w dniu 17 września 1989 w Warszawie, czego i rezultatem miało być powołanie Federacji, która odtąd w sposób jednolity mogłaby reprezentować interesy Rodzin Katyńskich na zewnątrz, między innymi nawiązując potrzebne do działania kontakty na szczeblu centralnym. Opracowano statut Federacji Rodzin Katyńskich, a we współpracy z Radą Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa zorganizowano dalsze zebrania przedstawicieli Rodzin Katyńskich (24 marca 1990). Od początku powstania ruchu katyńskiego działalność Federacji Rodzin Katyńskich była związana z Kościołem, zarówno szeroko, jak i wąsko rozumianym — na przykład siedziba Federacji początkowo mieściła się w pomieszczeniach przy parafii św. Karola Boromeusza na warszawskich Powązkach.
Spośród wydarzeń wstępnego okresu należy wymienić te, które zaważyły na dalszych losach Federacji: przyjęcie na kapelana ks. Prałata Zdzisława Peszkowskiego, centralna uroczystość Rodzin Katyńskich w Dolince Katyńskiej na wojskowych Powązkach w 50. rocznicę Zbrodni, manifestacja przed Ambasadą (jeszcze) ZSRR, podczas której wręczono skierowane do ówczesnego prezydenta Michaiła Gorbaczowa pismo z żądaniem pełnego ujawnienia prawdy o Zbrodni Katyńskiej, zorganizowanie w Warszawie, w dolnym kościele pw. Świętego Krzyża wystawy „Nie tylko Katyń”. W 1990 roku, we współpracy z Radą Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa zorganizowano pierwszą, ogólnopolską pielgrzymkę Rodzin Katyńskich do Katynia. Na miejscu Zbrodni mszę św. odprawił ówczesny kanclerz Kurii Warszawskiej, jednocześnie opiekun Warszawskiej Rodziny Katyńskiej — ks. Zdzisław Król. W tymże 1990 roku zapoczątkowano ogólnopolskie pielgrzymki do Sanktuarium Matki Częstochowskiej — zawsze w niedzielę Miłosierdzia Bożego, czyli w pierwszą niedzielę po świętach Wielkiej Nocy. Inicjatorem spotkań jasnogórskich jest kapelan Federacji Rodzin Katyńskich, ks. prałat Zdzisław Peszkowski.
W maju 1990 roku Bożena Łojek dostała z Kancelarii ówczesnego Prezydenta RP Wojciecha Jaruzelskiego kopie ważnych dokumentów, tj. listy wywozowe jeńców Kozielska do Katynia i jeńców Ostaszkowa do Kalinina (dziś Twer) oraz wykaz jeńców Starobielska (tzw. lista Gajdideja). Po przetłumaczeniu przez zespół ludzi tworzących Sekcję Poszukiwań przy Warszawskiej Rodzinie Katyńskiej pod kierunkiem Marii Dormanowskiej oraz przy współpracy z PCK członkowie Rodzin Katyńskich w całym kraju mogli uzyskać pisemne potwierdzenie o śmierci poszukiwanego Męża — Ojca — Brata — Stryja — Wujka — Dziadka… Wdowy katyńskie (żony Ofiar) otrzymały ufundowany przez Radę Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa Medal Katyński z grudką ziemi z Katynia.
Najważniejszym celem działania Federacji Rodzin Katyńskich było doprowadzenie do upamiętnienia Zamordowanych na mocy rozkazu Biura Politycznego KC WKP(b) z marca 1940 roku przez zbudowania cmentarzy w miejscu Ich wiecznego spoczynku — w Katyniu, Miednoje i Charkowie. Proces budowy cmentarzy poprzedziło przeprowadzenie tzw. ekshumacji śledczej w 1992 roku pod kierunkiem prokuratora Stefana Śnieżki (Federację Rodzin Katyńskich reprezentował Jędrzej Tucholski). Rada Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa ogłosiła otwarty konkurs na koncepcję ukształtowania terenu poszczególnych cmentarzy — w zespole Sądu Konkursowego uczestniczyli przedstawiciele Rodzin. Członkowie Rodzin na bieżąco śledzili postępy prac przy budowie Polskich Cmentarzy Wojennych, a w 2000 roku mieli szczęście uczestniczyć w ich poświęceniu i otwarciu.
We wrześniu 1992 roku ośmioosobowa delegacja Federacji Rodzin Katyńskich udała się do Moskwy na zaproszenie doradcy prezydenta Borysa Jelcyna, Siergieja Stankiewicza. Była to niezwykle owocna i jak dotąd jedyna taka podróż na Kreml. Odbyły się rozmowy w Prokuraturze Wojskowej, Sztabie Generalnym i na Łubiance w archiwach KGB. Doprowadziło to do nawiązania dobrych stosunków z władzami Rosji w sprawie ukrywanej i wstydliwej dla Rosjan, nieujawnionej ciągle prawdy o zbrodni katyńskiej.
Kolejnym wydarzeniem było otwarcie, w czerwcu 1993 roku, Muzeum Katyńskiego w fortach na Sadybie (jako filii Muzeum Wojska Polskiego). W dniach 23-24 października 1993 odbyło się I Walne Zebranie Delegatów Rodzin Katyńskich, podczas którego zgodnie ze statutem wybrano władze Federacji Rodzin Katyńskich: Radę, Zarząd i Komisję Rewizyjną. Nastąpił nowy rozdział istnienia i pracy środowisk katyńskich zrzeszonych w Federacji Rodzin Katyńskich. Stan ten nieprzerwanie trwa, a od 1993 roku odbyły się już trzy Walne Zebrania Delegatów. Do władz Federacji byli wybrani i pracowali społecznie na rzecz ujawnienia prawdy o Zbrodni Katyńskiej: w Radzie Federacji — jako przewodniczący: Krystyna Krzyszkowiak (1993-1996), Janusz Lange (1996-2003) i Marcin Zawadzki (od 2003 roku); w prezydium Rady uczestniczyli jako wiceprzewodniczący: Janusz Lange (1993-1996, Łódź), Andrzej Skąpski (1996-2003, Kraków), Marcin Zawadzki (1996-2003, Warszawa), Krystyna Syposz-Borowska (1996-2003, Wrocław), śp. Andrzej Spanily (2003-2004, Gdynia), śp. Ryszard Piątkowski (2003-2004, Warszawa); jako sekretarze: Witomiła Wołk-Jezierska (1993-1996, Warszawa), Izabella Sariusz-Skąpska (od 1996, Kraków). W Zarządzie Federacji pracowali — jako prezes: Włodzimierz Dusiewicz (od 1993, Warszawa); jako wiceprezesi: Janusz Kłopotowski (1993-1997, Łódź), Juliusz Wiernicki (1993-2003, Piotrków Trybunalski), Maria Dormanowska (1993-1996, Warszawa), Grzegorz Hofman (1996- 1997, Warszawa), Zbigniew Siekański (od 1997, Kraków); jako sekretarze: śp. Cecylia Borzęcka (1993-2003, Warszawa), Krystyna Brydowska (od 2003, Warszawa); jako skarbnicy: Irena Erchard (1993- 1996, Warszawa), Halina Drachal (od 1996, Warszawa). W Komisji Rewizyjnej były przewodniczące: Wiesława Styś (1993-1997, Warszawa) i Jadwiga Siemaszkiewicz (od 1997, Łódź); oraz członkowie: Mirosław Krawczyk (Szczecin), Zbigniew Padoł (Katowice). Społeczną księgową Zarządu od 1997 roku jest Alicja Jasińska z Warszawy. Od 1997 roku Federacja Rodzin Katyńskich ma swój stały lokal w Warszawie na Mokotowie przy ulicy Odyńca 67 m. 61.
Od kwietnia 1990 roku Federacja Rodzin Katyńskich organizuje co pięć lat (1995, 2000, 2005) centralne uroczystości katyńskie przed Grobem Nieznanego Żołnierza w Warszawie z udziałem najwyższych władz Państwa Polskiego, wszystkich resortowych służb mundurowych jak: Wojsko Polskie, Straż Graniczna — do 1939 roku Korpus Ochrony Pogranicza i Straż Graniczna, Żandarmeria Wojskowa, Policja — do 1939 roku Policja Państwowa, Służba Więzienna — do 1939 roku Straż Więzienna. Przedstawiciele wszystkich tych służb przedwojennej Rzeczypospolitej padli ofiarami Zbrodni Katyńskiej, wraz z nimi zginęli urzędnicy państwowi, prawnicy, lekarze, nauczyciele, ziemianie…